O escopo do Programa Conservação da Biodiversidade Aquática foi definido pelas cláusulas 164, 165 e 166 do Termo de Transação e Ajustamento de Conduta (TTAC), assinado em 2016. A execução das ações foi responsabilidade da extinta Fundação Renova.

As primeiras atividades executadas no PG 28 se iniciaram com o Projeto de Recuperação e Conservação da Fauna Aquática da Área Ambiental 1, e tinham como objetivo entender como estavam as populações da fauna aquática depois do rompimento da barragem, e ajudar a criar ações para conservar essas espécies. Nesse contexto, o PG 28 realizou a avaliação do estado de conservação dos peixes e invertebrados nativos da bacia do Rio Doce, seguindo uma metodologia adaptada do Instituto Chico Mendes de Conservação da Biodiversidade (ICMBio). A partir dos resultados fornecidos por essa avaliação, foi elaborado um Plano de Ação com medidas para recuperar e conservar a fauna aquática da bacia do Rio Doce na Área Ambiental 1 – o chamado Plano de Ação para Recuperação e Conservação da Biodiversidade Aquática (PABA). O PABA foi iniciado em março de 2022, atendendo à cláusula 164 do TTAC, e foi uma das principais entregas do PG 28. O plano englobou 50 ações distribuídas em 16 estratégias de conservação da biodiversidade, com foco em 32 espécies de animais aquáticos ameaçados ou potencialmente ameaçados de extinção. 

Baseado na metodologia dos Planos de Ação Nacional para Conservação de Espécies Ameaçadas de Extinção (PAN) do ICMBio, o PABA contou com a participação de especialistas, agentes públicos e outros atores que formaram o Grupo de Assessoramento Técnico (GAT), responsável por acompanhar e avaliar a condução das ações. A equipe do PG 28 também contou com o apoio de outros programas da extinta Fundação Renova, que executaram algumas das ações previstas no PABA. Entre os destaques, estão o projeto de restauração de nascentes e áreas de floresta ao longo dos rios, que incluiu estratégias como permitir a regeneração natural e aplicar práticas que combinavam agricultura e plantio de árvores para melhorar o solo e o ambiente, além de um projeto para incentivar a produção de mudas e sementes de plantas nativas.

Como uma das obrigações previstas na atuação PG 28, foi construído o Monitoramento da Biodiversidade Aquática nos ambientes dulcícolas, estuarinos, costeiros e marinhos impactados, que tinha como objetivo fazer estudos para identificar os impactos imediatos e de longo prazo nas espécies e na cadeia alimentar desses ambientes. 

O Monitoramento teve atuação específica em cada estado. Em Minas Gerais, o programa foi iniciado em 2021, com projetos de pesquisa selecionados via edital da Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais (Fapemig), em parceria com a extinta Fundação Renova. Esses projetos foram realizados por pesquisadores de universidades mineiras, que estudaram os ambientes e os seres vivos. Já no Espírito Santo, foram realizadas por duas parcerias, também celebradas com a extinta Fundação Renova. A primeira foi com a Fundação Pró-Tamar, com início das atividades em 2017, através de monitoramento reprodutivo das tartarugas marinhas em 156 km de praias próximas ao Rio Doce. Já a segunda parceria se deu com a Fundação Espírito Santense de Tecnologia (Fest) e a Universidade Federal do Espírito Santo (Ufes), com atividades iniciadas em 2018, através de monitoramento de organismos, água e sedimento nos rios, mangues, restingas, praias e oceano. Esses estudos contaram com pesquisadores de mais de 30 instituições de pesquisa nacionais.

Por último, o PG 28 elaborou o Plano de Ação Integrado para Recuperação e Conservação da Biodiversidade Aquática da Bacia do Rio Doce e dos Ambientes Costeiro e Marinho (PAI). Enquanto o PABA atuava na área da Bacia Hidrográfica do Rio Doce, o PAI tinha uma área maior de atuação, espalhando-se para a região costeiro e marinha próximas do Rio Doce.